京都大学学费一般为53.58万日元/年，以半期为单位支付，即每年4月和10月往学校账户汇26.79万日元。另外，新生入学需额外缴纳入学料28.2万日元。参加大学院考试需提交检定料3万日元。法学院费用较其他研究科稍高，学费为80.4万日元/年，入学料相同。包括外国留学生在内，经济困难的学生可申请学费减免，一般可免除半额学费。学费全免和入学料免除比较困难。